Las Ligas Superiores consisten en un grupo selecto de clubes de cada departamento que compiten exclusivamente entre sí. El campeón y el subcampeón de estas ligas avanzan directamente a la Etapa Departamental de la Copa Perú.
La primera Liga Superior se creó en 2004 en el departamento de Lambayeque como un experimento con doce equipos participantes: Deportivo Pomalca, José Pardo, Universidad de Chiclayo, San Lorenzo, Rayos X-Medicina, Mariscal Sucre de Ferreñafe, Defensor Chongoyape, Sport Victoria de Túcume, Unión Juventud, Unión Tumán, Independiente de La Victoria y Deportivo Cachorro de Motupe. Al finalizar el torneo, la Universidad de Chiclayo se coronó campeona y clasificó a la Etapa Departamental. En 2005, la Federación Peruana de Fútbol emitió una resolución que oficializó los torneos subsecuentes de esta liga.
En 2009, se crearon oficialmente Ligas Superiores en otros departamentos, siendo adoptadas por nueve Federaciones Departamentales: Arequipa, Ayacucho, Cajamarca, Huánuco, Lambayeque, Pasco, Piura, Puno y Tumbes.
En 2010, los departamentos de Cusco y Callao adoptaron sus respectivas Ligas Superiores, mientras que Ayacucho suspendió la suya debido a la falta de participantes y la pérdida de interés, atribuida en parte al éxito del club Inti Gas Deportes en la Primera División Peruana. En 2011, Ancash creó su Liga Superior, pero Arequipa, Cusco, Huánuco y Pasco dejaron de organizarlas.
Actualmente, solo el Departamento de Piura mantiene activa su Liga Superior.