La Iglesia de Nuestra Señora de los Desamparados y de San José, conocida como la Iglesia de los Desamparados, fue un destacado templo católico situado en la cuadra 1 del jirón Áncash, antes conocida como Calle de Los Desamparados en honor a esta iglesia. Fundada en Lima en 1672 por el Virrey Pedro Antonio Fernández de Castro X Conde de Lemos y el sacerdote jesuita Francisco del Castillo, la iglesia contó con la participación del alarife peruano Manuel de Escobar en su diseño y construcción. En su altar se encontraba una réplica de la Virgen de los Desamparados, entre otras imágenes destacadas como el Señor de la Agonía. Adyacente al templo se encontraba una casa de la Orden y un colegio de niños. Sin embargo, en 1939, la iglesia fue demolida para ampliar el jardín del Palacio de Gobierno, a pesar de las objeciones de conservacionistas como el sacerdote e historiador Rubén Vargas Ugarte.
La devoción a la Virgen de los Desamparados en Lima se remonta a la colonia, cuando en 1629 un valenciano llamado Bartolomé Calafe solicitó al Cabildo de Lima un terreno para construir una ermita en honor a la virgen. Tras su muerte, su hija Úrsula cedió la capilla a la Compañía de Jesús, y en 1658 el Padre Francisco del Castillo comenzó la construcción de una iglesia en el lugar. En esta iglesia se iniciaron prácticas devocionales, como la meditación de las Siete Palabras de Cristo en la Cruz, y se atendía a los desamparados y esclavos negros de Lima.
El primer templo, inaugurado en 1672, fue financiado por el Virrey Pedro Fernández de Castro, quien además ayudó en su construcción. Este templo sufrió daños graves en el siglo XIX debido a un terremoto, lo que llevó a la construcción de un nuevo templo en 1897. El segundo templo, ubicado en la cuadra 12 de la Av. Venezuela, fue inaugurado en 1945 tras la demolición del anterior para ampliar los jardines del Palacio de Gobierno.
En 1947, la iglesia albergó a la Virgen de la Asunción, patrona de Chacas, durante casi un año, después de que la imagen sufriera un incendio durante su fiesta patronal en 1946. La imagen fue trasladada a Lima para su restauración y permaneció junto a la Virgen de los Desamparados en la iglesia hasta agosto de 1947.