El condado de Issaquena (en inglés: Issaquena County) fundado en 1844 es un condado en el estado estadounidense de Misisipi. En el 2000 el condado tenía una población de 2.274 habitantes en una densidad poblacional de 2 personas por km². La sede del condado es Mayersville.
Geografía:Según la Oficina del Censo, el condado tiene un área total de 1142 kilómetros cuadrados (440,9 mi²), de la cual 1070 kilómetros cuadrados (413,1 mi²) es tierra y 73 kilómetros cuadrados (28,2 mi²) es agua.
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